姓名：付蕾 职称：研究员
办公室：沧海校区致信楼N602 导师类别：硕导
邮箱：leifu@szu.edu.cn 办公室电话：18811570587
1.个人简介
付蕾，深圳大学研究员，电子信息工程学院硕士生导师，现任深圳大学附属华南医院医学人工智能所常务副所长。2021年博士毕业于北京师范大学方维海院士团队；2019-2020年受国家留学基金委资助公派留学美国Boston University，导师Qiang Cui；2016年于美国University of Wisconsin-Madison进行访问学习，导师Frank A. Weinhold。博士后阶段于中国科学院广州生物医药与健康研究院和深圳市罗湖区人民医院和浙江大学周如鸿团队从事研究工作。 长期从事AI+计算生物学研究，近年来在肿瘤免疫分子机制解析、计算生物结合人工智能优化设计抗原肽、人工智能辅助的药物理性设计、生物大分子互作机制和抗菌肽的杀菌机制研究等领域开展了一系列的基础研究工作。以第一/共同第一/通讯作者在Nature Machine Intelligence, Journal of Clinical Investigation, Nature Communications (2篇), Journal of Medicinal Chemistry, Science China-Life Science, Biophysical Journal (2篇), International Journal of Molecular Sciences, The Journal of Physical Chemistry B等国际学术期刊发表SCI论文14篇。另外以合作者身份在Briefings in Bioinformatics, Journal of Physical Chemistry Letters, Circulation Research, Biochimie等期刊发表SCI论文16篇，共计30余篇。
2.主要研究方向
主要研究方向包括生命科学、医学、药学、材料等多学科交叉领域的AI4Science工作，结合高性能计算和人工智能在肿瘤免疫领域的分子机理解析、蛋白质互作、生物大分子机制、抗原肽/抗体优化设计、人工智能辅助的药物的理性设计及其在疾病防治中的应用等。
研究方向
- 人工智能辅助药物理性设计（AIDD）
- 人工智能辅助的蛋白质设计和生物大分子机制
- 基于物理和数据驱动的AI模型
- 肿瘤免疫领域的抗原抗体设计
- 抗菌肽的杀菌机制研究
3.招生方向和要求
新一代电子信息技术
研究方向:人工智能辅助药物设计/生物医学大模型和智能体/计算生物学
招生要求：
专业课基础扎实，业务能力强，精通一门编程语言(Python，C/C++，Fortran)，有较好的英语读写能力，对人工智能，计算生物学及其交叉研究有浓厚兴趣，有良好的动手实践能力与团队合作精神，学习积极努力，认真踏实。
4.主持科研项目
1. 国家自然科学基金青年项目C类，T2600590，物理约束与数据驱动融合的肿瘤新抗原跨尺度可解释人工智能设计方法研究，2027-01至2029-12，30万元，在研，主持。
2.深圳市医学科学院，2026年度青年提升项目，A2603066，肿瘤新抗原理性设计：物理约束与数据驱动融合的可解释AI模型及实验验证一体化研究，2027-01至2029-12，80万元，在研，主持。
3.深圳市医学研究院，2025年度深圳市医学研究专项“揭榜挂帅”项目，E250200620，人工智能赋能的复杂疾病系统解析及干预策略研究，2026-01至2029-12，1000万元，在研，项目骨干。
2.深圳市科技创新局，2025年度重点产业研发计划，ZDCY20250901110900001，面向端侧医疗大模型的部署优化与国产芯片适配技术研发，2026-01至2028-12，500万元，在研，参与。
3.深圳市科技创新局，2025年应用研究类，深圳市医学数字孪生关键技术重点实验室，2025-12至2028-12，500万元，在研，骨干成员。
4.重庆市科技局, 2025年度重庆市自然科学基金创新发展联合基金（重点项目）, CSTB2025NSCQLZX0079, 生成式AI结合多生物模型验证的动态迭代小分子药物预测系统的开发, 2026-01 至 2027-12，25万元, 在研, 项目骨干。
5.深圳市科技研发基金，深圳市优秀科技创新人才培养，RCJC20200714114557005，膀胱癌分子机理研究及早筛与诊疗体系构建，2021-04-01至2026-04-01，450万元，在研，参与。
6.上海人工智能实验室, 科研项目, P22KN00272, “计算+”智能化免疫抗原肽的设计与应用, 2022-01至 2023-12, 500万元，结题，参与。
7.国家自然科学基金委员会, 面上项目, 21973004, 基于严格优化方法的生物分子粗粒化力场开发及应用, 2020-01 至 2023-12, 65万元, 结题, 参与。
5.代表性成果 (仅列出2020年至今)
1.Shan Zhang, Yuzhou Long, Taizhong Wang, Qinglu Zhong, Jinhui Li, Lei Fu*. A multi-scale structural and biophysical atlas of TCR-peptide-HLA recognition dynamics. bioRxiv. 2026. doi: https://doi.org/10.64898/2026.08.19.745737 (唯一通讯)
2.Taizhong Wang, Qinglu Zhong, Shan Zhang, Yijian Wu, Jinhui Li, Qi Zhuang, Song Wu*, Lei Fu*. Free Energy Perturbation-Machine Learning Collaborative Optimization for Melanoma Antigenic Peptide Design. Chemical Journal of Chinese Universities -Chinese Edition-. 2026. (唯一通讯)
3.Ziying Chen#, Li He#, Xinyuan Zhang,Xiangyuan Li,Shan Zhang, Lei Fu*, and Lianghui Gao* Why Polymyxins Loosen Lipopolysaccharides Packing Yet Stiffen the Outer Membrane of Gram-Negative Bacteria-A Crowding Effect in the Headgroup Region. Langmuir 2026,42,10113−10125. (共同通讯)
4.Rong Han#, Yumeng Zhang#, Xiaohong Liu#, Lei Fu#, Tong Pan, Jing Xu, Xiaoyu Wang, Peidong Zhang, Xuanzhong Chen, Jiesi Lei, Wuyang Lan, Changwei Ji, Shuguang Cui, Song Wu*, Jiangning Song*, Ting Chen*, Guangyu Wang* Generalizable mutation-effect prediction across adaptive immune recognition via unified multimodal framework. Nature Machine Intelligence, 2026, 1-17. IF=29.8 (共同一作)
5.Zifan Ye, Xia Wang, Zhouye Xu, Taizhong Wang, Juan Wang, Shuangyu Li, Xiangjin Kong, Jingjing Zhang, Xudong Jiao, Lei Fu*, Yipeng Wang*. CATHPb1, a broad-spectrum and multi-target antibiotic adjuvant to combat drug-resistant bacterial infections. Science China-Life Science. 2026. IF=9.5 (共同通讯)
6.Lei Fu, Kevin Chun Chan, Qinglu Zhong, Damiano Buratto, Song Wu*, Ruhong Zhou* In Silico Optimization of GAD65114-122 Autoantigen for Potential Type 1 Diabetes Antigen-specific Immunotherapy. The Journal of Physical Chemistry B. 2025, 129, 12799−12810. (唯一一作)
7.Qinglu Zhong, Kevin C. Chan, Lei Fu, Ruhong Zhou*. A free energy perturbation-assisted machine learningstrategy for mimotope screening in neoantigen-basedvaccine design. Briefings in Bioinformatics, 2025, 26(4),bbaf254.
8.Zifan Ye#, Lei Fu#, Shuangyu Li, Ziying Chen, Jianhong Ouyang, Lianghui Gao,*, Yipeng Wang* Synergistic antibacterial effects between antimicrobial peptides and cationic peptides are a widespread immune defense strategy in animals. Nature Communications. 2024, 15:7319. (contributed equally as first author) IF=17.69 (共同一作)
9.Qianqian Zhuang#, Fengfeng Guo#, Lei Fu#, Tilo Kunath, Ruhong Zhou*, Ping Liang*, Zhong Liu*, Qingfeng Yan*. 1-Deoxynojirimycin as a potential mitochondrial rescue agent for maternally inherited hypertrophic cardiomyopathy. Journal of Clinical Investigation, 2023, 133:e164660. (contributed equally as first author) IF=19.456 (共同一作)
10.Jianqiang Mu#, Chenyang Xue#, Lei Fu#, Mengqi Wu, Xinmeng Chen,Kun Liu, Ruiqian Bu1, Ying Huang, Baisheng Yang, Jianming Han, Qianru Jiang, Zongjun Yu, Chun Chan, Ruhong Zhou, Ancheng Huang, Yong Wang, Zhongmin Liu*. Conformational cycle of human polyamine transporter ATP13A2. Nature Communications. 2023, 14:1978. (contributed equally as first author) IF=17.69 (共同一作)
11.Xiangyuan Li#, Lei Fu#, Shan Zhang, Yipeng Wang, Lianghui Gao*. How Alligator Immune Peptides Kill Gram-Negative Bacteria: A Lipid-Scrambling, Squeezing, and Extracting Mechanism Revealed by Theoretical Simulations. International Journal of Molecular Sciences. 2023, 24:10962. (contributed equally as first author) (共同一作)
12.Lei Fu, Xiangyuan Li, ShanZhang, Yi Dong, Weihai Fang, and Lianghui Gao*. Polymyxins Induce Lipid Scrambling and Disrupt the Homeostasis of Gram-Negative Bacteria Membrane. Biophysical J. 2022, 121:1-13. (唯一一作)
13.Minghui Zhang#,Jianhong Ouyang#,Lei Fu#, Fen Zhang, Yan Wang, Xuanjin Luo, Dengdeng Zhang, Lianghui Gao,*Yipeng Wang*. Hydrophobicity determines the antimicrobial rate of amphipathicα-helical antimicrobial peptides. Journal of Medicinal Chemistry. 2022, 65:14701-14720. (contributed equally as first author) IF=8.42 (共同一作)
14.Lei Fu, Mingwei Wan, ShanZhang, Lianghui Gao,* and Weihai Fang. Polymyxin B Loosens Lipopolysaccharide Bilayer but Stiffens Phospholipid Bilayer. Biophysical J. 2020, 118:1-13. (唯一一作)
6.学术任职
1.中国电子学会智慧医疗主委会委员
2.《Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences》杂志，JCRQ1, 青年编委
3.《Artificial Intelligence and Proactive Health》杂志，青年编委
4.《Frontiers in Molecular Biosciences》杂志，审稿编辑
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